Герой, який уславився більше двадцяти років тому в грі Bionic Commando зразка 1988 року, повертається! Доля безжально обійшлася з Натаном Спенсером. Одержав важку перемогу над ворогами своєї держави, він виявився не потрібен для власного уряду. Більш того, власті побачили в Натану загрозу і вирішили позбавитися від нього - воїна звинуватили в злочинах, яких він не здійснював, і засудили до смерті.
Так би й загинув ветеран від рук ката,якби не з'явиться на горизонті нова загроза. Прямо в день страти Натана якась терористична організація атакувала місто Есеншн-сіті (Ascension City). Використовуючи експериментальну зброя масового ураження, екстремісти викликали сильний землетрус, перетворивши мегаполіс в руїни. До того ж злочинці встановили контроль над міськими знаряддями ППО, позбавивши влади можливості надіслати повітряні війська. В результаті уряду не залишилося нічого, окрім як спішно амністувати перевіреного в боях Коммандоса і заслали його у ворожого тил!