Події гри «Поклик Прип'яті» розгортаються після подій гри «S.T.A.L.K.E.R.: Тінь Чорнобилю». Після того, як прохід до центру Зони виявився відкритий, уряд вирішує провести великомасштабну військову операцію, під кодовою назвою «Фарватер». Метою операції є взяття ЧАЕС під контроль військових. Перша група військових була направлена для повітряної розвідки території та складання детальних планів розташування аномальних полів. Це повинно було дозволити згодом просуватися по безпечних маршрутами основних групах військових.
Незважаючи на ретельну підготовку, операція терпить фіаско. Більшість гелікоптерів з ударної групи розбивається. З метою збору інформації про причини провалу операції, Служба безпеки України направляє свого агента до центру Зони. Далі все залежить від гравця...